Der Organisationsaufbau der AcU sieht wie folgt aus: Die Mitgliederversammlung bestimmt über die inhaltlichen und strategischen Grundsatzfragen der AcU und wählt den Vorstand. Der Vorstand bereitet die inhaltliche und strategische Ausrichtung der AcU für die Mitgliederversammlung vor und legt die aktuellen Arbeitsschwerpunkte und Ziele der AcU fest. Die Aufgabe des Beirates ist es, den Vorstand in Fragen der strategischen und politischen Ausrichtung der AcU zu beraten. Die Geschäftsstelle arbeitet dem Vorstand und der Mitgliederversammlung zu.